الفرقة الأولى:المعرفة السلوكية، والتصوف والمعرفة الصوفية، مناهج بحثها، وتقويمها. رئيس الفرقة: عمار جيدل
الفرقة الثانية: مناهج البحث في علوم الحديث رواية، ودراية، ومقاصد علوم السنة، ومسالك تقويمها. رئيس الفرقة: محمد عبد النبي
الفرقة الثالثة: مناهج البحث في علوم القرآن، والتفسير، والدراسات القرآنية، وتقويم الدراسات القرآنية. رئيس الفرقة: محمود مغراوي
الفرقة الرابعة: السيرة، التاريخ الراشدي، تاريخ الأمويين، تاريخ العباسيين، مناهج بحثها، مقاصد تأليفها ، ومسالك تقويمها. رئيس الفرقة: يوسف تيطواح
الفــــــرقة الخـــــامســـــة: منــــــاهــــج البحـــــــث في الفكـــــر الإسلامي والفلســـــفة الإســــــلامية رئـــــيس الفــــــــرقة: عمــــــــــران بودقــــــــــــــزدام
الفرقة السادسة: العقيدة الإسلامية، أصول الدين، الرؤية النظرية، مناهج الاستدلال على العقائد، نقد الرؤى ذات الصلة. رئيس الفرقة: خالد محجوب
الفرقة السابعة: مناهج بحث المستشرقين لعلوم الشريعة رئيس الفرقة: ليليا شنتوح