يتكون مجلس المخبر من مسؤولي فرق البحث ورؤساء مشاريع البحث، وهو وفق المادة 28 من المرسوم التنفيذي رقم 19-231 هيئة علمية مكلفة بـ:
o المشاركة في إعداد البرامج،
o تقييم نشاطات البحث دوريا،
o دراسة حصيلة نشاطات البحث والتسيير والموافقة عليها،
o المصادقة على الجداول التقديرية للإيرادات والنفقات،
o السهر على الاستعمال العقلاني للموارد البشرية والمالية والمادية،
o إعداد النظام الداخلي للمخبر والمصادقة عليه.
يضم مخبر حقوق الإنسان والقانون الدولي الإنساني ثمانية فرق بحث تتمحور حول مختلف المواضيع المتعلقة بحقوق الإنسان على الصعيدي الوطني والدولي، في حالتي السلم والحرب.