وفق المادة 25 من المرسوم التنفيذي رقم 19-231، يعين مدير المخبر بموجب قرار من وزير التعليم العالي والبحث العلمي لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد مرة واحدة، بناء على اقتراح من مسؤول مؤسسة الالتحاق، من بين المترشحين ذوي الرتبة الأعلى، ينتخبه أعضاء مجلس المخبر.
على ضوء المواد 26، 28، 34 و35 من نفس المرسوم، يُكلف مدير المخبر بـ:
o تولي الإدارة العلمية للمخبر والإشراف على سيره الحسن،
o رئاسة مجلس المخبر وتنظيم اجتماعاته وجدول أعماله.
o ممارسة السلطة السلمية على مستخدمي البحث،
o تمثيــــل المخبر لدى الجهــــات الرسميـــة،
o تقديم برامج المخبر وحصيلة نشاطاته إلى أجهزة التقييم،
o إعداد الجدول التقديري لإيرادات المخبر ونفقاته وعرضها على المجلس للمصادقة.
o تقرير استعمال الاعتمادات المخصصة للمخبر.
يترأس مخبر حقوق الإنسان والقانون الدولي الإنساني الأستاذة بن علي جميلة ، بمقتضى القرار 690 المؤرخ في 19 ديسمبر 2021 .